در قیام آزادیخواهان رشت علیه پیمان شکنی محمد علی شاه (1326 ه.ق) در صف مشروطه طلبان جای گرفت و با آنان در تحصن شهبندری عثمانی (کنسولگری عثمانی) شرکت جست و هر سحرگاه با صدای تکبیر خود متحصّنان را به ادای نماز فرا می‌خواند (تکبیر او و نماز متحصنان پاسخی بود به تبلیغات دولتیان که آزادیخواهان را بابی مذهب معرفی می‌کردند) در واقعه تعرض مسلحانه مشروطه‌خواهان رشت علیه قوای مستبدان (16 محرم 1327 هـ ق) از طرف همکاران وی بود و انجمنی به نام وفا را تشکیل داده بود و اداره می‌کرد.

هنگام بسیج قوای ملی رشت برای تصرف پایتخت، میرزا عنوان فرماندهی یک دسته از جنگاوران را در دوشنبه بازار سنگر بر عهده گرفت، در آنجا سخت بیمار و بستری شد و دسته جنگاورانش تحت فرمان یپرم خان ارمنی درآمد که به سوی قزوین حرکت کردند.

کوچک‌خان پس از مداوا به مجاهدان پیوست و در فتح تهران شرکت جست در شورش‌ شاهسونان همراه یپرم خان و سردار اسعد به کمک مجاهدان آذربایجان رفت، هنگامی که شاه مخلوع (محمدعلی) عمال خود را به قصد تصرف ترکمن صحرا به آن منطقه (به دستیاری بیگانه) گسیل داشت، کوچک خان داوطلبانه به قوای دولت مشروطه ایران پیوست و به جبهه رفت.

در جریان جنگ بر اثر تیری که زیر شانه‌اش نشسته بود از پای افتاد و اسیر شد که به روسیه منتقلش کردند اما او پس از معالجه خود را به رشت رسانید.

در جریان تعرض قوای روس به آذربایجان و گیلان «به بهانه مخالفت شوستر مستشار مالی آمریکایی» و قتل و اسارت و حبس استقلال طلبان و مدافعان ایرانی (30ـ 1329هـ . ق) و هم زمان با اعدام عبدالعزیز شریعتمداری تالش، یوسف خان جوبنه‌ای، صالح‌خان مژدهی، کاظم علی روستا در رشت و مقارن با تشکیل انجمن ایالتی گیلان و حبس و تبعید اعضاء انجمن و جمعی دیگر به قفقاز کوچک‌خان به فرمان اجنبی از اقامت در زادگاه خود محروم و به تهران رفت و مقیم شد مجدداً به تکمیل تحصیل پرداخت.

سه سال بعد، جنگ بین‌الملل اول در گرفت و به سال (1914 م ) روس‏ها از شمال و انگلیسی ها از جنوب، با قوای انبوه به ایران تاختند و بیطرفی اعلام شده کشور را نقض کردند.

کوچک خان با گروه استقلال طلبان و مدافعان که در هر طبقه از بالا و پائین یافت می‌شدند هم داستان شده بدواً با سالار فاتح معروف به دیوسالار به کجور رفت که در آن ناحیه پایگاهی دفاعی به وجود آورند. چون جریان را مساعد نیافت از دیو سالار جدا شد و به رشت رفت و از رشت پس از ملاقات پنهانی با بعضی یاران موافق به (خراط محله) تولم حرکت کرده و در جنگل آن ناحیه نهضت جنگل را پایه گذاری کرد.

از آن تاریخ تا سال 1338 ه ق (1298 ش) مدام با قوای روسیه تزاری و پس از آن با قوای انکلیسی که بعد از انقلاب روسیه در پناه لشکریان ژنرال پیچیرا خوف روسی خود را به گیلان و از گیلان به باکو رسانده بودند در حالت جنگ دفاعی و تعرضی بود.

در عین حال به احداث راههای ارتباطی و تشکیل دبستانها در نقاط مختلف فومنات و تأسیس مدرسه نظام در گوراب زرمیخ و ایجاد کارگاههای پارچه‌بافی برای تأمین نیازمندیهای سربازان و اموری از این قبیل اشتغال داشت.

در سال 1299 ه ش بعد از ایجاد روابط دوستانه بین دولت های ایران و شوروی و شناسایی حکومت شوروی از جانب دولت وقت ایران برخی از دوستان طرفدار روسیه میرزا مثل احسان الله خان به وی خیانت کردند و از وی جدا شدند.

میرزا کوچک خان در این زمان پس از حدود هفت سال مبارزه و جنگ و گریز با تعداد اندکی از یاران خود برای جمع آوری قوا به طرف خلخال حرکت کرد که در برف و بوران اسیر گشت و جان خود را از دست داد.

با شهادت وی در روز دوشنبه یازدهم آذر 1300 هجری خورشیدی (سوم ربیع الثانی 1340 ق) نهضت جنگل به نقطه پایان خود رسید.

جسد کوچک خان در گیلوان با مراقبت احترام آمیز آقا سید نصرالله گیلوانی به خاک سپرده شد اما اندکی بعد جسد کوچک خان به دست افراد سالار شجاع برادر سردار مقتدر طالشی افتاد.
یکی از آنان سر وی را جدا کرد و به نشانه پایان روزگار او به تهران منتقل و به سردار سپه ارائه کرد، در نهایت سرش در گورستان حسن‌آباد تهران در نقطه نامعلومی دفن شد که بعداً از جانب یاران جنگلی محل دفن شناسایی شد چند سال پس از این واقعه که گورستان حسن‌آباد شبانه‌ زیر و رو می‌شد تا مؤسسات آتش‌نشانی در آنجا مستقر شود، سر کوچک خان به وسیله آزادیخواهان که در لباس کارگران شب درآمده بودند ربوده شد و به وسیلة میرزاخان سیگارودی به رشت انتقال یافت و در اختیار کربلایی کاس آقا (حسام) معروف به خیاط که از وفاداران به آزادی بود، قرار گرفت که در جلسه‌ای شبانه مورد شناسایی و تأیید یاران جنگلی حاضر قرار گرفت سپس در ایوان مرقد سلیمان داراب به امانت سپرده شد.